БМК работают на тех же трех видах топлива, что и стационарные котельные установки: газ, жидкое и твердое топливо. Кроме того, оно практически не требует никакой переработки (если это не СПГ). При наличии магистрального газа установка другой котельной окажется нерентабельной, и такое решение используют лишь в качестве резервного варианта. Резервный источник тепла делают на жидком топливе, так как, его удобно хранить. Отличный вариант резервной БМК — комбинированная топливная система.
БКМ на твердом топливе подходят для любого вида твердого топлива. Модуль дробилки устанавливается отдельно при отсутствии источника уже измельченного горючего. Наиболее распространенные виды: уголь, торф и органическая пыль, используемый для пеллет жмых подсолнечника, древесные отходы и аналогичная органика.
Жидкотопливные БМК используются редко ввиду высокого спроса на жидкое топливо. Даже тяжелые фракции востребованы в судовых дизелях. В качестве печного жидкого топлива используются еще более тяжелые фракции, которые невозможно использовать в ДВС. Это требует некоторого усложнения горелок, установки специальных фильтров, но повышает рентабельность эксплуатации БМК.
